L'identificazione e l'esatta collocazione delle autorità indipendenti tra gli organismi pubblici è un argomento che, fin dalla loro istituzione, ha occupato le riflessioni della dottrina e della giurisprudenza italiana.
In venti anni di dibattiti dottrinari e di sentenze, si è ormai giunti a una definizione e classificazione piuttosto precise, benché margini di dubbi e zone d'ombra, in assenza di una legislazione univoca e unica o, peggio, in presenza di tentativi maldestri di codificazione, continuino a essere presenti, tanto da far emergere a livello legislativo quella che è stata definita una "dissociazione fra forma (qualificazione testuale) e sostanza (fisionomia organizzativa)" (così G. Puccini, Il problema dell'identificazione delle autorità indipendenti fra giurisprudenza amministrativa e decreto "salva-Italia, corsivo originale, in www.osservatoriosullefonti, n. 1/2012).
Di recente, si è anche dubitato della loro appartenenza al settore delle pubbliche amministrazioni da includere nel conto economico consolidato.